尽管在公共卫生领域，政府主导改革各方已达成共识，但就卫生部以上医改思路的核心，争论在各部委间继续升温。

　　争论集中在建立基本卫生保健制度需要多少财政投入？投给医疗服务的供应方还是需求方？基本医疗如何界定等三大方面。

　　尽管增加公共投入已成为共识，但是卫生部这一方案存在着三大争议。

　　首先，卫生部方案中，政府免费提供全民基本医疗保障所需的投入存在质疑。根据卫生部医改课题组的初步测算，要达到免费提供全民基本医疗保障的目标，大约需要国家财政投入2600亿元。

　　“但在实践中，这方面的投入可能是个无底洞。”财政部有关人士表示。

　　对此，1月10日，卫生部例行新闻发布会上，卫生部新闻发言人回应说：“我们认为这个制度的实施应该说现在是恰逢其时。”

　　他的理由是，目前我国经济发展水平为设立这样的制度提供了经济保障；而且近几年来卫生部在农村和社区卫生服务体系的建设，也为这个制度的实施提供了技术和物质上的保证。

　　在卫生部工作会议上，卫生部部长高强也称，卫生部对此进行了测算，结果“并不是天文数字”，它应该在可承受的范围之内。

　　如何界定“基本医疗”(简单称“小病治疗”)，是争论的第二个焦点。

　　卫生部方案的核心在于，免费向全体国民提供最基本医疗药品和治疗，主张列出一个基本医疗服务、基本药品、基本病的清单，列于清单中的属于免费范围。

　　“我们过去强调的初级卫生保健‘六位一体’的功能，已经包括了常见病和多发病的社区防治，现在突然又来了‘基本医疗’这么一个词，专业人员都搞不懂到底是什么意思。”上述劳动保障部人士质疑。

　　“介入疾病的早期诊断纳入了公共卫生的范围。”新闻会上，毛群安对政府为何免费治疗“小病”如是解释，并进一步分析，有些疾病，早期诊断、早期治疗可能费用很低，不然小病逐渐成为大病，整体医疗费用会更高。“从这个意义上讲，我们认为基本医疗作为一种重要的制度纳入到制度设计中来。”

　　毛群安表示，尽管在医学上，何谓基本医疗还没有定论，但从政策操作层面上而言，社区卫生机构和农村乡镇卫生所能够提供的医疗服务可以定性为基本医疗。因为，按照医疗机构能够提供服务的水平进行划分，这样便于操作，也便于公众理解。

　　对此，劳动保障部持异议，“这会带来很多漏洞”，会出现“按照机构性质划分，一方面拿了政府给的钱，另一方面还是在走过去的那条路——卖药创收”。

　　更为关键的是，谁有权力来界定基本医疗。